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学校前身是教育家陶行知于1927年创办的晓庄试验乡村师范；2000年3月，原南京师范专科学校、南京教育学院、南京市晓庄师范学校合并组建成为南京晓庄学院；2014年，南京幼儿高等师范学校并入。
截至2021年5月，学校共有方山、莫愁两个校区，校园面积近1500亩；设有15个专业学院，47个本科招生专业；共有教职工1375人，全日制在籍本科学生18400余人。